Il 2 Dicembre 1993 viene costituita l’Ustica Lines e inizia l’attività di trasporti veloci per passeggeri via mare sulla rotta “Napoli – Ustica – Favignana – Trapani” e “Trapani - Pantelleria – Kelibia”.
Nel corso degli anni successivi la società aumenta la propria flotta con la costruzione di nuovi aliscafi e l’acquisto di catamarani con ali, tutti conformi al codice di massima sicurezza HSC, e apre nuove linee in tutto il mediterraneo. Vince numerose gare europee indette dalla Regione Siciliana per i collegamenti dalla Sicilia con le sue isole minori.
Nel 2004 acquista dalla Snav il ramo d’azienda dedicato ai collegamenti veloci del settore Eolie. Nel 2007 allarga le sue attività ai trasporti commerciali con navi roro/cargo e roro/pax.
La flotta, sottoposta a rigorose manutenzioni preventive ed a controlli continuativi del RINA, consiste di 25 unità veloci, 2 navi roro/pax e 1 traghetto.
Inoltre è in corso la costruzione di 12 monocarena HSC nel cantiere di Air Naval di Torre Annunziata (Napoli) per consegna tra il 2010 e 2014: 4 di questi sono già stati consegnati nel 2010 (il Sofia M e il Carlotta M) e altri 2 nel 2011 ( il Daniela Morace e il Diego Morace).
Attualmente, l’organico della società è di circa 430 persone tra marittimi e amministrativi. Nel 2010 ha trasportato circa 1.500.000 di passeggeri.
La Società applica la procedure del manuale Safety Management System (“SMS”) ed è in possesso del Certificato ISM.